歷史沿革
建所初期的研究所園區(qū)（1954年）
建國初期，為了合理開發(fā)利用東北地區(qū)的森林資源，維護(hù)地區(qū)生態(tài)平衡，中國科學(xué)院于1953年在哈爾濱成立了林業(yè)研究所籌備處,由劉慎諤教授承擔(dān)業(yè)務(wù)領(lǐng)導(dǎo)。
1954年10月，為適應(yīng)東北地區(qū)經(jīng)濟(jì)建設(shè)的需要，根據(jù)中國科學(xué)院第35次院務(wù)會議決定，由中國科學(xué)院林業(yè)研究所籌備處、東北土壤研究所籌備處和長春綜合研究所農(nóng)產(chǎn)化學(xué)研究室微生物部分合并成立了中國科學(xué)院林業(yè)土壤研究所。
1962年7月，中共中科院黨組擴(kuò)大會議決定，林土所下放歸東北分院領(lǐng)導(dǎo)，人員編制及經(jīng)費(fèi)等納入分院計(jì)劃，由中科院分配指標(biāo)。
1970年7月15日，林土所下放遼寧省，暫由省科技局領(lǐng)導(dǎo)，后改名為遼寧省林業(yè)土壤研究所。1978年3月1日，遼寧省林業(yè)土壤研究所改由中科院和遼寧省雙重領(lǐng)導(dǎo)，以中科院為主。
為適應(yīng)國家科技發(fā)展的需要，根據(jù)中國科學(xué)院強(qiáng)化生態(tài)資源環(huán)境研究的戰(zhàn)略部署及我所的學(xué)科基礎(chǔ)和儲備，1987年10月27日，根據(jù)中國科學(xué)院（87）科發(fā)計(jì)字1284號關(guān)于同意林業(yè)土壤所更改名稱的批復(fù)，我所更名為“中國科學(xué)院沈陽應(yīng)用生態(tài)研究所”。
1998年，根據(jù)中國科學(xué)院知識創(chuàng)新工程的總體部署和結(jié)構(gòu)性調(diào)整的總體目標(biāo)，我所分類定位認(rèn)定成功，步入中國科學(xué)院基地型研究所行列，標(biāo)志著我所學(xué)科建設(shè)和體制改革進(jìn)入新的發(fā)展階段，并為進(jìn)入國家知識創(chuàng)新工程試點(diǎn)奠定了堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
2001年7月2日，我所被正式批準(zhǔn)為國家知識創(chuàng)新工程試點(diǎn)單位，各項(xiàng)工作進(jìn)入新的快速發(fā)展時(shí)期。
2015年，按照中國科學(xué)院“率先行動”計(jì)劃的要求和研究所分類改革的統(tǒng)一部署，沈陽生態(tài)所成功進(jìn)入中國科學(xué)院“特色研究所”建設(shè)首批試點(diǎn)研究所，進(jìn)入新的歷史發(fā)展時(shí)期。2018年，順利通過特色研究所建設(shè)驗(yàn)收。
幾十年來，為了支援國家建設(shè)，我所還成建制地調(diào)出大量優(yōu)秀人才，組建了新的研究單位。1959年，為加強(qiáng)荒漠化的防治研究，將在保障包蘭鐵路順利穿過騰格里沙漠進(jìn)行卓有成效防風(fēng)固沙研究的李鳴岡副研究員等18人調(diào)至院治沙隊(duì)（沙漠所的前身）；1965年，為加強(qiáng)大興安嶺林區(qū)護(hù)林防火的研究，應(yīng)林業(yè)部的要求，以王正非副研究員為首的從事雷擊火研究的12人調(diào)出，組建護(hù)林防火研究所；1996年，為加強(qiáng)東北大學(xué)理學(xué)研究，以方肇倫院士為首的從事流動注射分析技術(shù)研究的6人，調(diào)至東北大學(xué)組建分析科學(xué)研究中心。
